Abra a partição DomainDNSZone no ADSIEdit e inspecione os atributos. Se houver um CNF ou DEL em um atributo, isso pode exigir um pouco de cirurgia no cérebro.
Além disso, eu não deixaria as funções FSMO no Windows 2003 por muito tempo. Eu vi um monte de problemas estranhos nesse cenário, especialmente se o domínio não foi atualizado para o Windows 2008, que ocorre na primeira vez que a função de emulador de PDC é movida para um controlador de domínio do Windows 2008.
Mais informações sobre zonas DNS duplicadas: