Depois de muitos testes, descobri que uma solução que funciona para mim é só encontrar e espero que ajude os outros também:
Eu criei uma estrutura dir 255/255 e, em seguida, usei o ramdisk (/ dev / shm) para criar rapidamente os diretórios e, em seguida, salve os arquivos dentro deles. Então, uma vez a cada minuto, movo os arquivos para o HDD.
Usando essa abordagem reduziu o tempo para salvar arquivos de 100K em diretórios 255/255 de cerca de 5 minutos para cerca de 5 segundos.