Você pode dizer ao seu servidor escravo para aplicar apenas instruções de replicação para bancos de dados específicos:
--replicate-do-db=myfoodb
--replicate-do-db=myotherfoodb
link - então você pode apenas cortar seu aplicativo sempre que você estiver pronto.
Quanto a uma configuração master-master, ela vem com algumas advertências, mas é totalmente factível. Dependendo da latência / taxa de transferência entre sites, você pode usar o pó mágico XtraDB / galeria aglomerado da Percona para garantir a replicação síncrona, que contornará qualquer problema comum do master-master link - embora, como eu disse, há algumas ressalvas; por exemplo: seu código não pode emitir GET_LOCK