Você perguntou se é possível executar o WAMP (Apache / MySQL / PHP em execução no Windows) e o LAMP (Apache / MySQL / PHP em execução no Linux) no mesmo SSD. A resposta é sim, você pode, mas a única maneira sensata de fazer isso é com a virtualização. Gostaria de sugerir a criação de duas máquinas virtuais, uma executando o Linux (para LAMP) e outra executando o Windows (para o WAMP).
Você tem muitas opções para o hipervisor, mas as plataformas de virtualização gratuitas mais simples são o VMware Player e o Oracle VirtualBox. Você pode configurar cada máquina virtual para rede somente de host (se os sites de desenvolvimento só puderem ser acessados localmente) ou rede em ponte (se você quiser que eles estejam acessíveis em sua rede local).
Se você formatar seu disco USB físico com FAT32 e usar o VMware Player como seu hipervisor, poderá iniciar e executar suas máquinas virtuais em qualquer computador host que execute o VMware Player (ou Workstation / Fusion), independentemente de o O computador físico está executando o Linux, Windows ou Mac OS X. Isso pode funcionar bem para você, já que você está experimentando diferentes sistemas operacionais para o seu computador físico. Só não se esqueça de selecionar a opção para dividir o disco virtual em pedaços de 2 GB quando você cria cada máquina virtual. Ao configurar suas máquinas virtuais, você poderá formatar seus discos virtuais usando qualquer sistema de arquivos desejado, por exemplo, NTFS no seu Windows VM e EXT4 para Linux; o sistema de arquivos FAT32 subjacente na sua unidade USB 3.0 não é visível para cada VM.
Observe que o somente bom motivo para usar o FAT32 é compartilhar arquivos entre computadores que executam sistemas operacionais diferentes, alguns dos quais podem não ter suporte de leitura / gravação para NTFS. Se você for usar essas máquinas virtuais somente em hosts Windows, faz mais sentido formatar a unidade física com o NTFS.