Eu vejo três (3) brindes mortos por falta de desempenho
Versão do MySQL
Você está usando o MySQL 5.1.61. A maioria das pessoas não instala o Plugin InnoDB que vem com o MySQL 5.1 a partir do MySQL 5.1.38. O InnoDB Plugin tem novos aprimoramentos para permitir que o InnoDB realize o engajamento multicore.
Recomendação: Instale o Plugin InnoDB ou o Upgrade para o MySQL 5.5
Configurações do InnoDB
Isto é o que você tem (a partir da pergunta)
innodb_file_per_table
innodb_buffer_pool_size = 5G
innodb_log_file_size=1G
#innodb_commit_concurrency = 32
#innodb_thread_concurrency = 32
innodb_flush_log_at_trx_commit = 0
thread_concurrency = 8
innodb_log_file_size = 256M
Se você tiver o InnoDB Plugin instalado ou atualizado para o MySQL 5.5, você deve sintonizar o InnoDB para ativar os aprimoramentos multicore.
Aqui estão minhas recomendações:
innodb_thread_concurrency = 0 (default in MySQL 5.5)
innodb_read_io_threads = 64
innodb_write_io_threads = 64
innodb_io_capacity = 5000
Por favor, leia minha postagem DBA StackExchange de Mar 16, 2012
que discute isso em comprimento.
Cache
O seu innodb_buffer_pool_size pode ser muito pequeno. Tente aumentar. Na verdade, escrevi uma postagem sobre Apr 22, 2011
no WordPress StackExchange no dimensionamento do buffer pool .