Antes de mais nada, se não estiver causando problemas ... você pode querer deixá-lo em paz, ou conseguir alguém mais experiente (ou ingênuo o suficiente para não saber que é um saco) fazê-lo. É uma dor na bunda para fazer o certo, e você pode danificar o AD se você errar.
Por outro lado, este é o artigo da Technet sobre como limpar manualmente uma CA . Ele diz domínio 2000/2003, mas também funciona em um domínio de 2008.