Este parece ser um bug conhecido: link
Não tenho certeza se há uma solução melhor do que as sugestões nesse link:
De qualquer forma, minha rodada de trabalho para este problema é desmontar meu drive smb, matar gvfs e reiniciar
ou
Matar o gvfsd e encerrar o nautilus depois (nautilus -q) corrige as coisas temporariamente.