Você seria mais bem atendido com um pacote de implantação como o SCCM ou o Eminentware (agora, o Solar Winds Patch Manager) do que para finalizar e implantar seu software.
Falha em criar um sistema de laboratório isolado e usar uma ferramenta de criação de MSI (WinInstall_LE vem à mente, mas há muitos) e implantar os MSIs resultantes por meio de política ou script de grupo.