A duplicidade é baseada no librsync.
O comportamento de defalt do Rsync é apenas olhar para o timestamp. Não sei se o Duplicity substitui isso, mas você pode adicionar suas próprias opções de rsync com a opção --rsync-options
.
Adicione uma opção como
--rsync-options="--checksum"
para o seu comando e ele deve sempre usar (o mais lento) checksumming para determinar arquivos alterados.