Sua configuração é bem parecida com essa , a parte que você obviamente está faltando é try_files $uri $uri/ /index.php?$args; na raiz do bloco server .
Outra sugestão é tentar usar a configuração exatamente como no link para garantir que tudo esteja funcionando e não seja causado por location / ifs. Depois disso, inclua error_log ~/nginx_debug.log info; no bloco server e faça as alterações. Você poderá entender qual parte da sua configuração está quebrada.