O pacote intel-microcode (que contém os dados de atualização do microcódigo) atualizará o initramfs sozinho quando for atualizado. Você não precisa fazer nada.
Você obterá o novo microcódigo automaticamente na próxima vez que for reinicializar, já que o microcódigo atualizado é (hoje em dia) aplicado apenas durante a inicialização, por várias razões técnicas.