A causa mais comum do cenário que você descreve é uma falha ao especificar o kernel correto (AKI) ao registrar o instantâneo como uma AMI.
Compare o AKI do AMI que trabalha com o AKI do AMI que não funciona.
Eu estava trabalhando no espelhamento de uma instância do EC2. Eu segui estes passos
A nova instância funcionou como um encanto.
Eu também tentei o outro método.
Mas de alguma forma o servidor não está sendo configurado corretamente e ele falha nas verificações de status criadas no console da Amazon. Eu preciso descobrir o motivo, pois pode ser crítico em algum momento poder iniciar um servidor a partir do instantâneo.
Apenas para adicionar à resposta:
Você pode solucionar problemas de inicialização visualizando o log do sistema. Você pode fazer isso no console da AWS na guia EC2 selecionando a instância e clicando em "Ações da instância" > 'Obter registro do sistema'.