IMHO nenhuma das ferramentas de administração de www, como phpmyadmin e nagios, deve ser acessível da Internet, se a empresa não solicitar explicitamente.
Mas se você deve proteger esses aplicativos com senhas adicionais com .htaccess.
Se você precisar fornecer phpmyadmin para um grande número de usuários, protegê-lo com .htaccess não é uma boa idéia (é complicado gerar senha para todos os usuários (clientes) e os usuários não gostam de uma dupla autenticação).
Você sempre pode compartilhá-lo no uniqe url não https://yoursite/phpmyadmin
, tudo o que você precisa fazer é alterar o alias no arquivo phpmyadmin visrtualhost.
Você deve sempre compartilhar esses aplicativos em https!
O Nagios é apenas para o administrador, você pode restringir o acesso a ele apenas para ips que devem ter acesso ao .htaccess.
Você pode servir phpmyadmin e em nenhuma porta padrão.
Se você compartilhar aplicativos em nenhuma porta padrão (diferente de 80 e 443), poderá restringir o acesso a ele com o iptables.
A boa ideia é proteger esses aplicativos da força bruta com o fail2ban.
Não há nenhum sistema idealmente seguro. Há sempre um risco, mas você deve fazer tudo para minimizá-lo.