We are using the built-in Windows FTP server on this box
Desculpe, QUAL Um? Há o antigo e o novo - a menos que jogue o antigo com R2, não tenho certeza;)
Looking at Resource Monitor while the transfer is happening shows the network utilization getting up to about 25%. CPU, memory, and disk usage are all reasonable
Isso é bastante, especialmente quando este é um fluxo de transferência. O que você quer dizer com "uso do disco é razoável" - segundos por IO é em qual faixa? Esse é o único contra-ataque relevante.
Could the FTP transfer be soaking up all the bandwidth available to the server?
Sim. Dado que o FTP é um processamento trivial que é mesmo normal.
I'm not sure yet how much bandwidth the host is providing, by the way, but I'm looking into that.
Eu acho que esse é provavelmente o ponto principal aqui. Note que você nem mesmo diz qual link você tem - 25% de Ultilização de Rede significam coisas diferentes em um link físico de 100mbit ou 1000mbit para começar.
Eu diria que você usa 25 mbit e provavelmente está em um link compartilhado?
Tente colocar um perfil do QOS e priorize o FTP mais baixo;)