A solução foi outra coisa. Nós reiniciamos o servidor usando:
ft_min_word_len=3
(desculpe por não mencionar isso na pergunta)
Por meio deste documento no MySql , aprendemos que:
If you use myisamchk to perform an operation that modifies table indexes (such as repair or analyze), the FULLTEXT indexes are rebuilt using the default full-text parameter values for minimum and maximum word length and the stopword file unless you specify otherwise. This can result in queries failing.
Esta foi a solução:
shell> myisamchk --recover --ft_min_word_len=3 table_search.MYI
Agora, o servidor está funcionando bem por quase 24 horas.