Uma das alegrias do EC2 é que você pode criar instâncias com tanta facilidade, pelo minúsculo custo de algumas horas de tempo de execução. Eu tive tantas atualizações de sistema (win / mac / unix) erradas que eu recomendaria fazer um teste em uma instância diferente, não importa o quê.
Mas, para responder à sua pergunta, não conheço nenhuma ferramenta da Amazon para atualizar uma instância de 08 para 12. O site da Microsoft contém o suficiente Notas e Cuidados que eu também tomaria cuidado com as ferramentas deles.
Essa página da web diz especificamente:
Upgrade of an earlier version of SQL Server to SQL Server 2012 is not supported on a computer that is running Windows Server 2008 R2 Server Core SP1.