Você retira um disco e o sistema não inicializa além de carregar o kernel. Uma vez que o kernel tenta encontrar os sistemas de arquivos, ele reclama e deixa você com um mínimo de shell. Se é algo assim, então é provável que o grub (2) não esteja encontrando o dispositivo de disco raiz. Como você pegou um disco, os nomes dos dispositivos foram alterados, o que já foi / dev / sdd poderia agora ser / dev / sdc.
É possível que você reconfigure o grub (2) para usar UUIDs ao invés de nomes de dispositivos.
Embora isso pareça pelo menos um pouco estranho:
It was unable to find the following directories. /dev/root on /root, /dev on /root/dev, /sys on /root/sys, /proc on /root/proc
Por que esses diretórios estão no diretório raiz? Aqueles normalmente estariam localizados diretamente em / (/ dev et al). Você criou links simbólicos de / dev para / root / dev? se sim, por quê?