Parar / Iniciar é o mesmo que o desligamento / inicialização.
Então, para responder à sua pergunta, os processos em execução precisam ser encerrados normalmente no desligamento para que não sejam mortos. Então, no início, você precisa iniciá-los manualmente ou iniciá-los automaticamente através do mecanismo da sua distro (upstart, sysvinit, etc.).