O diretório "Fila" é destinado ao uso interno pelo processo do servidor SMTP. Você está encontrando arquivos trancados lá porque você não deveria estar trabalhando com eles lá. Se o seu diretório "Fila" estiver sendo preenchido, você será melhor servido para descobrir por que as entregas de e-mail estão falhando. Não ficou claro se a antiga ferramenta SMTPDiag da Microsoft pode funcionar no Windows Server 2008, mas seria um lugar para começar.
Atualização:
Não está claro para mim exatamente o que você está tentando fazer com sua tarefa de processamento. A pasta "Fila" é usada para reter mensagens com entrega pendente. As mensagens aceitas para entrega local são armazenadas na pasta "Soltar". Supondo que você esteja procurando por mensagens que estão sendo aceitas para entrega local, eu ficaria preocupado com o motivo de eles estarem saindo em "Fila" e não acabarem em "Lançar". Não deve haver arquivos acumulados em "Fila", a menos que algo não esteja funcionando corretamente.
(Como um aparte: Encontrando documentação sobre: o Serviço SMTP no Windows Server 2008 está se tornando bastante difícil. O Serviço SMTP sempre foi um pouco órfão, vivendo em um submundo entre o sistema operacional Windows e o Exchange. > suspiro <)