Ter um .htaccess vazio não deve ter nenhuma conseqüência negativa (exceto algum impacto menor no desempenho), .htaccess arquivos são bastante padronizados e, se estiverem vazios, eles simplesmente não alteram nada. Eu não vejo quais problemas a declaração AddType poderia introduzir, mas você deveria apenas testar isso, o que me leva à seguinte pergunta:
Qual a razão da sua organização para executar um servidor de controle de qualidade se tem medo de testar coisas nesse servidor?
De qualquer forma, é perfeitamente possível que seu servidor esteja configurado com AllowOverride None na configuração do site, o que significaria que o arquivo .htaccess seria simplesmente ignorado. Além disso, é claro que é possível adicionar a instrução AddType à seção de configuração global ou de vhost do servidor.