Mhmmmm ...
Você mesmo sugere problemas de energia. No UPS eu presumo?
Apresentando informações mais detalhadas, algumas suposições:
Você não está afirmando o quanto o dano é ruim. 3x em cada um dos servidores ou 3 servidores, cada um afetado uma vez em dias diferentes?
Se o dano for estritamente limitado ao setor 0 (== tabelas de partição), qualquer tipo de pico de energia ou outro fator aleatório externo é extremamente improvável. O dano provavelmente seria mais aleatório do que isso: Corrupção em todos os discos.
Um vírus parece mais provável, mas você diz que o Windows e o Linux são afetados por bots. Isso é muito estranho para um vírus.
Tem a certeza absoluta de que ninguém pode mexer nos sistemas? Por maldade ou ignorância. O zelador proverbial ligando um aspirador de pó ou máquina de esfregar no mesmo circuito?