O que você estava vendo está descrito neste artigo da Microsoft . A essência é a seguinte:
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As caixas de correio não são marcadas como excluídas no banco de dados do Armazenamento de Informações imediatamente quando você as exclui usando ferramentas de gerenciamento.
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Na próxima vez em que o processo de Gerenciamento da Caixa de Correio ou de Manutenção da Loja for executado, a caixa de correio será marcada como excluída. Se tiver sido excluído pela duração da configuração "Manter caixas de correio excluídas", ela será eliminada automaticamente.
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Depois que a caixa de correio for marcada como excluída, ela poderá ser removida do Exchange System Manager.