Parece que você está definindo suas raízes para seus respectivos diretórios iniciais. Eu recomendaria adicionar um link simbólico em suas pastas base que vai para a pasta para a qual você deseja direcionar. (se você pode simplesmente deletar seus diretórios home e criar links simbólicos para eles como essas pastas. Também pode ser necessário permitir o acesso às suas pastas base. Eu acho, mas não tenho certeza.
ATUALIZAÇÃO você poderia usar dois hosts virtuais para dividir os dois usuários e, em seguida, defina a raiz padrão para cada um.
<VirtualHost my.per-user.virtual.host.address>
# the next line limits all logins to this virtual host, so that only
anonftp users can connect
<Limit LOGIN>
DenyGroup !anonftp
</Limit>
# limit access to each user's anon-ftp directory, we want read-only
except on incoming
<Directory ~/anon-ftp>
<Limit WRITE>
DenyAll
</Limit>
</Directory>
# permit stor access to each user's anon-ftp/incoming directory,
but deny everything else
<Directory ~/anon-ftp/incoming>
<Limit STOR>
AllowAll
</Limit>
<Limit READ WRITE>
DenyAll
</Limit>
</Directory>
# provide a default root for all logins to this virtual host.
DefaultRoot ~/anon-ftp
# Finally, force all logins to be anonymous for the anonftp group
AnonymousGroup anonftp
</VirtualHost>