Eu não sei a resposta sobre o Deep Freeze, mas esse é o tipo de problema que esse tipo de software gera. O software congela a máquina em um ponto do tempo e tudo o que você faz é perdido quando a máquina é reiniciada. Isso é ruim porque as máquinas param para fazer mudanças de coisas importantes, como atualizações. Esse tipo de software permite que você faça execptions para não ter esses problemas, mas em muitos casos ainda falha.
Algum tempo atrás, a Microsoft tinha um software como este, chamado Steady State para Windows Xp, mas para o Windows 7 foi descontinuado.
Por quê? Porque esse tipo de software não é necessário. Com o Windows nativamente, você pode ter perfis obrigatórios, um tipo de perfil de usuário que perdeu todas as alterações quando o usuário encerra sua sessão.
Portanto, a minha recomendação aqui é não usar Deep Freeze, o Windows nativamente pode fazer para um comportamento semelhante, com muitas vantagens de graça. A Microsoft tem um guia para fazer isso usando o GPos e os perfis obrigatórios: Criando um estado estável usando as tecnologias da Microsoft