Na minha opinião, a parte mais difícil de configurar um CD de inicialização personalizado é fazer com que o gerenciador de inicialização funcione corretamente a partir do CD após a reinicialização.
Para remasterizar o CD, é necessário atualizar alguns metadados para a configuração do isolinux. Eu acho que é coberto na página 3 ou 4 do link de Frank.
mkisofs -iso-level 4 -l -R -J -joliet-long -D -V "UBCD501" -o "../custom.iso" -b
"isolinux/isolinux.bin" -c "isolinux/boot.catalog" \
-hide "isolinux/boot.catalog" -hide-joliet "isolinux/boot.catalog"
-no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table .
Execute isto na pasta de nível superior contendo o conteúdo extraído do seu CD.
Em uma nota relacionada, eu pessoalmente gosto de manter um repositório local dedicado para meus servidores. Ele facilita o processo de atualizações e também fornece uma maneira conveniente de manter um conjunto de arquivos de kickstart. Eu coloquei uma referência http para o meu arquivo de kickstart e o carreguei do servidor junto com as versões mais recentes de quaisquer pacotes que eu queira instalar. É muito mais rápido do que tentar executar as atualizações após o fato.
NOTA - isso funciona perfeitamente para a remasterização de caixas RHEL / CentOS. Não testei em outro lugar.