Consegui contornar o problema atualizando a lista de ignorados em c: \ windows \ system32 \ inetsrv \ conf \ applicationHost.config no controlador de farm da web. Eu atualizei a seção web farm para pular o fornecimento das pastas appPool e logFiles, isso parece ter corrigido o problema para mim.
<webFarm>
<applicationProvision offlineWhileSync="true" syncWebServerFromPrimary="true" periodicSync="00:00:30">
<clear />
<skipDirectives>
<skip name="appPools" skipDirective="objectName=dirPath,absolutePath=.*appPools.*" />
<skip name="logFiles" skipDirective="objectName=dirPath,absolutePath=.*LogFiles.*" />
</skipDirectives>
</applicationProvision>
</webFarm>