If I type in the url for the other virtual servers with https in front, I get redirected to the site that I added the certificate to. Does this have anything to do with ports?
Supondo que seu servidor tenha apenas um endereço IP para todos os hosts virtuais, esse comportamento é normal. Todo o tráfego usando https será direcionado para a porta 443. Só pode haver um host virtual na porta 443 por endereço IP, de modo que este se torne o padrão.
Por que seus outros hosts virtuais não https pararam de funcionar, precisaremos de mais informações. Como Shane comentou