A forma mais simples de obter apenas o número da string que você forneceu é a seguinte.
string="submitted batch with job number 12345"
echo $string | grep -o '[0-9]\+'
Isso falhará se a string ou a saída do seu programa incluir um segundo grupo de números, como
string="submitted 1 batch with job number 12345"
Nesse caso, você poderia usar sed
para, por exemplo procure pela string número e apenas corresponda por números após essa ocorrência.
echo $string | sed -n 's/^.*number\ \([0-9]\+\)//p'