Acho que a melhor solução seria usar o Samba (SMB) na máquina Linux e compartilhar essa pasta com a máquina Windows.
Eu não sei qual distribuição Linux você usa, então não posso apontar para o tutorial correto de Samba / SMB, mas qualquer tutorial que mostre como compartilhar arquivos via SMB com uma máquina Windows deve funcionar.
Os únicos truques adicionais necessários no EC2 são:
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Você precisa abrir as seguindo as portas no grupo de segurança da máquina Linux () e permitir que o grupo de segurança do Windows acesse essas portas.
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Ao acessar a máquina Linux a partir do Windows, você precisará usar o nome DNS público da máquina Linux ou seu endereço IP interno (você pode obter ambos do AWS Console).