Primeiro ... NTP geralmente é projetado para ajustar seu relógio periodicamente ... sim ... mas também é geralmente entendido que ele só verifica com pouca freqüência. As verificações iniciais são geralmente uma vez a cada poucos minutos ... e depois que uma linha de base é estabelecida ... ela volta a intervalos de algumas horas. Se você consultar um servidor NTP com muita freqüência, é provável que ele simplesmente o proíba.
Dito isso, a maioria das estruturas de servidor virtual inclui algum tipo de pacote de ferramentas que inclui uma ferramenta usada para manter o host & convidados em sincronia. O Hyper-V é o único animal que só joga bem com o Windows. (A Microsoft começou a fazer ferramentas para o Linux ... depois que a base de drivers entrou no código-fonte do kernel ... parou completamente de apoiá-lo ... forçando a equipe do kernel a extrair o que o MS acrescentou.) rodeios para muitas dessas situações ... mas mais informações sobre o sabor do ambiente de VM com o qual você está trabalhando ajudariam.
Editar Parece que a Microsoft finalmente conseguiu obter suporte para seu hipervisor de volta ao kernel do Linux. (a partir do Windows 2012 R2) Esperamos que continuem a apoiá-lo. Eu não testei, e não olhei em todos os detalhes. Mas, dada a história da Microsoft ... eu pessoalmente não confiaria nisso ainda.
Quanto às respostas às suas últimas duas perguntas ... A) O relógio se desvia ... porque não está usando o relógio do hardware ... mas sim um clock baseado no CPU-Tick (a maioria dos SOs faz isso) que é muito mais preciso do que o relógio padrão. Infelizmente ... quando isso é feito ... o número de pulsos de CPU não é uma constante em uma máquina virtual ... e então ... o relógio RTC irá se mover. Geralmente, se você tiver um aplicativo, consulte o relógio do hardware diretamente ... ele retornará quase de perto. E B) ... Eu não sei como configurar o serviço "Meinberg NTP" ... mas eu também sugiro que você não toque nele.