ele irá sobrescrever, o que é uma dor. Quando precisei fornecer tipos específicos de mime para arquivos específicos, fiz isso com um regex para corresponder apenas a esses arquivos e, em seguida, substituí o mapa de tipos apenas por esses arquivos:
location ~* ^.+\.(manifest|appcache)$ {
types { }
default_type text/cache-manifest;
}