O servidor do Minecraft está sendo executado em segundo plano, portanto, ele é desconectado do terminal de primeiro plano no qual você pode inserir comandos.
Cabe ao servidor fornecer uma maneira de interagir, como oferecer uma interface baseada na Web ou uma CLI que se comunica com o servidor por meio de um soquete.
systemd
oferece o sd-bus
como cliente do D-Bus IPC e o busctl relacionado, mas eles só seriam úteis se o servidor implementasse o D-Bus.
Resumo: verifique os documentos do seu servidor para ver o que é possível.