Para desfragmentar innodb, siga isto . Desde que você diz que é um DB de produção, você poderia fazer isso -
- Iniciar uma sincronização mestre-mestre.
- Coloque seu mestre e amp; escravo nas diferentes máquinas que funcionam em diferentes instâncias do mysql.
- Quando a sincronização mestre-mestre estiver concluída, inicie o processo de desfragmentação em uma delas, a outra máquina atenderá as solicitações até então ...
- Depois de um terminado, faça o mesmo por outro.
Espero que isso ajude ..