Eu duvido que o pacote MySQL-server que você instalou de algum terceiro (talvez mysql.com) possa remover os bancos de dados na remoção de pacotes, mas você sempre pode ver quais scripts são executados antes / depois da instalação em um RPM
rpm --query --scripts MySQL-server
deve mostrar todos os scripts associados ao pacote e você pode lê-los para ver o que é automatizado. Você também pode verificar se há algum gatilho que possa executar scripts via RPM também. rpm --help é seu amigo, veja todas as opções de relatório disponíveis com --query