A alta carga não faria com que o MySQL soltasse cegamente as consultas INSERT. Meu palpite é que seu aplicativo talvez esteja recebendo um erro ao se conectar ao DB e, como tal, o MySQL nunca está realmente recebendo a consulta INSERT. Eu recomendaria examinar seu código para verificar se você está capturando e registrando corretamente os erros de banco de dados.
Como um aparte, você realmente verificou para ver se o servidor está com carga alta. Você diz que esta tabela tem 90k registros (o que na verdade é bem pequeno), mas você não dá números sobre quantas consultas / segundo o servidor está manipulando. Execute top
para observar a média de carga durante o pico de uso, prestando atenção não apenas à média de carga em si, mas também à porcentagem de processos de tempo no iowait (o valor %wa
em top
)