Se você receber um aviso de SSL, precisará de certs separados para www.example.com e example.com: são entidades diferentes, no que diz respeito ao certificado (ou seja, o nome do servidor deve corresponder ao nome comum para o certificado exatamente).
Uma opção pode ser usar Nomes Alternativos de Assunto , dependendo do tipo de navegador que você espere visitar seu site, isso pode não funcionar (ou seja, navegadores móveis podem ser mais exigentes). Isso essencialmente permite que um certificado seja usado para vários nomes de servidor diferentes.
Se você já comprou seu certificado, isso pode ser um problema também.