O que está acontecendo é que o nautilus está sempre rodando em segundo plano. Se você iniciar uma nova instância do nautilus, ela apenas se "anexará" à instância anterior do nautilus, e então se fechará. É por isso que está desaparecendo do lançador.
Tente abrir o nautilus com Alt + F2 como você disse, clique com o botão direito e depois clique em "Lock to Launcher".
Isso deve fazer com que não desapareça do lançador, mas também permanecerá o tempo todo.
Você também pode killall nautilus , em seguida, tentar abri-lo no iniciador. Como não há mais instâncias quando você inicia, ele deve permanecer aberto.