O CentOS é muito popular devido ao suporte upstream de muitos fornecedores corporativos e à natureza sólida do sistema. Um movimento para qualquer sistema como este vai fazer você se sentir como se estivesse preso em uma jaula. Você é claramente alguém que gosta de tweaking (o que eu posso concordar!). Dito isto, acho que para um sistema de hospedagem compartilhada, o CentOS ou o Ubuntu Server é definitivamente uma abordagem melhor, pois simplifica bastante o gerenciamento.
Em ambos os casos, você precisará investir algum tempo (muito menos do que o tempo necessário para aprender o Gentoo, IMHO) no aprendizado de ferramentas e peculiaridades. Uma vez que você se acostumar a usar o apt ou o yum, ambos são bastante toleráveis para uma instalação simples de software.
Em ambos os casos, se o seu foco é PHP / Apache webhosting, você pode simplesmente construir um sistema usando o CentOS ou o Ubuntu e construir seu próprio Apache / PHP para atender às suas necessidades. Se eu fosse você, passaria algum tempo vendo se os pacotes do sistema oferecem algo parecido com a configuração que você está procurando (eu sei que ambos oferecem vários módulos MPM, por exemplo).
No RedHat EL5, pelo menos, a instalação padrão do mod_php executa todos os scripts PHP como o usuário www-data, o que não permitiria o acesso aos arquivos de todos os usuários (pode haver algo que estou perdendo aqui).