Isso soa como um bug (ou uma edição de configuração horrivelmente errada) - Como Matt Simmons apontou, o ntpd normalmente usa o Stratum 16 ("Unsynchronized").
Meu conhecimento (admitidamente limitado) dos estratos NTP é que o Estrato 0 é reservado para relógios de referência (um relógio de césio, por exemplo, ou um receptor GPS Time) que você anexaria a um computador para criar um servidor de estrato 1 (usando o estrato 0 como sua referência).