Em meus sistemas (BSD / UFS) verificações regulares de disco não fazem parte do design do sistema de arquivos, e não são rotineiramente executados, e se você quer rodar um em um sistema de arquivos montado que é possível (background fsck). Existem alguns hacks que realizam algo semelhante com os sistemas de arquivos ext2 / ext3.
Se o sistema de arquivos não foi desmontado corretamente (por exemplo, devido a um travamento), acho que você pode estar sem sorte - novamente em sistemas BSD, a verificação do disco pode ser executada em segundo plano (embora com penalidades substanciais de desempenho), mas não não sei se o plano de fundo fsck hacks para Linux pode ser usado no momento da inicialização.