O que foi comprometido?
Era uma conta de shell com privilégios estendidos ou mysql?
Você acha que precisa preservar evidências para uma investigação ou está apenas tentando voltar à Internet o mais rápido possível?
Se fosse o mysql, o primeiro passo que eu tomaria é impedir o acesso externo, definindo o abaixo em my.cnf. Depois de ter isso, você pode começar a fazer um balanço da situação.
bind-address = 127.0.0.1
Se você está preocupado com as mudanças no mysql, então uma maneira muito simples é fazer um mysqldump do banco de dados a partir de agora e compará-lo com um no seu backup externo antes do comprometimento. Será bastante detalhado, mas deve destacar as mudanças em você.
Até onde eu sei, o mysql só registra mudanças se você o tiver configurado no modo de depuração, mas isso é lento e detalhado e não é recomendado.
Se você suspeitar que sua conta shell foi comprometida, sugiro que você examine cuidadosamente o / etc / passwd / etc / group etc e então inicie o processo de criação de um ambiente mais seguro e transferindo sua aplicação para ele (há muito post mais longo exigido sobre isso que eu não sou capaz de fazer agora, mas tenho certeza que alguém será capaz de ajudar).