cd /actual/path/to/script
No topo do seu script?
Ou você pode adicionar seu script a /etc/rc.local
. Dessa forma, o script será executado a partir do local atual e você não precisará se preocupar com o caminho.
/etc/rc.conf
é normalmente um arquivo que contém cargas de variáveis, mas você também pode chamar comandos para executar em tempo de execução. Basta adicionar seu script na parte inferior.
./actual/path/to/script/myscript.sh
Mais informações: Manual do FreeBSD