Bem, em uma configuração do pure-linux, você tem o kexec que pode ser usado para "reinicializar" o kernel / OS sem ter que reiniciar o hardware / passar pela carga do BIOS novamente. Que funciona bem para tudo menos do que um pânico no kernel.
Mas em um ambiente misto, acho que o Eater my tem a solução. Essencialmente você inicializaria em seu linux, executaria qualquer script que você necessitasse / faça qualquer manutenção é requerido e então reinicia em seu OS de escolha.
Lembre-se, no entanto, de que isso se aplica a tempos de carga freneticamente lentos. Concedido você pode otimizar os tempos de inicialização do Linux para um ponto em que pode demorar alguns segundos, você ainda tem que lidar com o carregamento da BIOS duas vezes. Tudo o que é visível para o usuário, que pode então decidir enlouquecer.