Bem, isso foi há um tempo atrás, mas na época eu tentei mudar o PV para ser alocável como mostrado acima e que resolveu o problema. Já faz dois anos desde então e eu não tive mais nenhum problema. Deve ter sido um bug obscuro. Espero que esta informação ajude alguém no mesmo barco algum dia.
Você pode marcar um volume físico como alocável com pvchange
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# pvchange -x y /dev/volume