Se você quiser saber Como alternar entre as versões de 32 bits do ASP.NET 1.1 e a versão de 64 bits do ASP.NET 2.0 em uma versão de 64 bits do Windows , também conhecido como como habilitar um pool de aplicativos de 64 bits no IIS 6.0, o documento desejado está aqui: link
Observe também:
IIS 6.0 supports both the 32-bit mode and the 64-bit mode. However IIS 6.0 does not support running both modes at the same time on a 64-bit version of Windows.