Eu percebi isso.
Na raiz .htaccess (em public_html) coloque:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^subdomain\.domain\.com$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ pinax.fcgi/$1 [QSA,L]
Em seu subdomínio .htaccess (em public_html / subdomain) coloque:
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ pinax2.fcgi/$1 [QSA,L]
pinax2.fcgi precisa estar no diretório public_html / subdomain /, e pinax.fcgi deve estar em public_html /