Como Zoredache disse, você pode estar usando duas versões diferentes do prompt de comando.
O Windows 7 x64 tem algo chamado WOW64, que permite que aplicativos de 32 bits sejam executados no sistema operacional de 64 bits no modo de compatibilidade.
Suponho que o Launchy seja um aplicativo de 32 bits. (Abra o Gerenciador de Tarefas e na aba Processos veja se o processo do Launchy é mostrado como Launchy.exe * 32. Se sim ele está rodando sob o WOW64)
O Windows substitui de forma transparente o System32 para aplicativos de 32 bits pela pasta C: \ Windows \ SysWOW64. Esta é uma pasta com variantes de 32 bits de aplicativos comuns do Windows, como cmd e regedit presentes no system32. Telnet pode não estar presente no SysWOW64. Daí a questão que você está enfrentando.