Eu tive o mesmo problema. Alterar o arquivo eclipse.ini conforme mencionado por #LuteceTheCrab parece funcionar apenas quando o eclipse é ativado a partir do prompt de comandos. No entanto, o lançador de unidade não parece respeitar a configuração no arquivo eclipse.ini.
Ao ler o eclipse.ini no diretório ~ / .local / share / applications, percebi que o valor do atributo Exec está definido como parâmetros absolutos.
Eu tive que substituir o valor do parâmetro Exec pelo caminho do executável do eclipse.
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Name=Java - Eclipse
Icon=eclipse.png
Path=/home/[username]/softwares/eclipse
Exec=/home/[username]/softwares/eclipse/eclipse /* <- Note this line */
StartupNotify=false
StartupWMClass=Eclipse
OnlyShowIn=Unity;
X-UnityGenerated=true
Isso faz com que o ativador inicie o executável, que seleciona o arquivo .ini no mesmo diretório.
Não coloque / * & lt; - Observe esta linha * / no arquivo .desktop. Eu usei para destacar a linha nesta resposta.