Eu, pessoalmente, tento evitar misturar um programa compilado com os do rpm, já que eles exigem que você mude onde cada programa procura os componentes do outro (e a configuração da variável env).
Você pode achar mais fácil compilar o php do que tentar usar a versão rpm - com a qual você provavelmente terá que usar o munge por horas, até que o php seja legal com o apache de origem que você tem. Eu acho que você pode realmente achar mais fácil de construir php do que tentar mexer com os caminhos na versão pré-compilada - mas eu sempre fiz as compilações de rpm tanto do apache quanto do php (o que funciona bem) .
Mais uma vez, minha regra é não misturar versões locais de compilação e centos rpms - isso provavelmente causará dores de cabeça.