O ec2-bundle-vol não parece passar a opção -A para o rsync quando está criando o pacote. Você precisará adicionar isso à fonte para que as ACLs sejam copiadas.
Tente alterar '-rlpgoD' para '-rlpgoDA' em um arquivo com o nome /usr/lib/ec2-ami-tools/lib/ec2/platform/linux/rsync.rb (embora ele possa ter sido instalado em um diretório completamente diferente, dependendo da sua distribuição).